潔凈室處于藥廠生產核心地位，其潔凈效果直接影響藥品的質量。潔凈室的壞境若受到污染，那么藥品治療就難以保證，這樣的藥品就會延誤或者加劇患者的病情，給患者帶給巨大身體的危害和不良的社會效應，因此保證制藥潔凈室的潔凈是藥企關注的焦點。

潔凈室的清潔程度直接關系到產品車間的質量問題，所以在做潔凈室、無塵車間、凈化車間的清潔時一家要多考慮多個方面。制藥企業需要嚴密加強人員管理，嚴格控制人流物流，合理布局空間與面積等以保證制藥潔凈室的潔凈度。

另外，提高設備的技術水平也是保證潔凈室的有力方面。據悉，潔凈室設備的材質、加工精度、密閉程度以及管理制度都與交叉污染有關。因此提高設備的自動化水平，以減少操作人員，是防止交叉污染的必要措施。有行業人士表示，無菌隔離系統是完全密封的，將藥品、生物制品控制、并處理成無菌狀態。采用隔離操作技術可最大限度的防止產品受到污染，保護操作者的安全，避免受到毒性物質的傷害。